В 2004 году для лечения и профилактики вирусных заболеваний Pocket PC можно было воспользоваться антивирусом от Лаборатории Касперского — Kaspersky Security для PDA. Антивирус способен был проверять места хранения данных, автоматически обновлять антивирусные базы и многое другое.
Также в пакет антивируса входило приложение Kaspersky DataSafe для Pocket PC, способное создавать секретные зашифрованные папки, доступ к которым ограничивался паролем. Программы могли записывать файлы в секретные папки — так же, как в любые другие.
Версия для PalmOS умела проверять места хранения данных на наличие инфицированных файлов, перехватывать вирусы при передаче данных на КПК во время операций HotSync и Beam.